本文运用激励理论,建立理论框架分析当代中国疾病防控体制变迁和未来改革方向。从多任务平衡问题出发,提出绩优的疾病防控体制应该是一个激励系统,其内部各项制度要素协调互补,激励相容,以实现多任务激励平衡。作为激励系统,疾病防控体制模式选择受财政体制、疾病谱等一系列外部条件的影响。外部条件变化引起疾病防控体制的制度变迁,这种制度变迁的最终结果是激励系统的整体演化,其过程包括渐进式三阶段。基于1949年以来中国疾病防控体制演变的经验资料验证了本文主要理论观点。中国未来改革趋势是以管理体制为重点带动全面改革,即从疾病防控的属地管理体制走向垂直管理,并提高财政补偿中的激励强度。