作为公立医院科研经费管理的重要抓手,构建覆盖科研经费管理全流程的预算绩效管理体系,能够提升科研经费管理水平,已成为指引公立医院进行科学管理的重要手段。文章结合公立医院科研活动特点,运用预算绩效理论分析医院实施科研经费预算绩效管理的内涵及体系构建,通过提出树立预算绩效管理理念、优化预算绩效管理流程、强化预算绩效管理的执行与监督、完善预算绩效管理的评价体系和强化预算绩效管理评价结果的反馈与运用五个方面改进科研经费预算绩效管理的建议,为推动预算绩效管理在提升科研经费管理水平方面提供借鉴,从而达到促进公立医院科研经费聚力增效、提高科研成果质量的目的。