摘要：【目的】分析5个苜蓿属(Medicago )紫苜蓿组(M. sect. Medicago)植物的叶绿体基因组特征，为紫苜蓿组植物亲缘关系研究提供理论依据。【方法】通过Illumina NovaSeq 6000平台测序紫苜蓿组4个国审品种和蓝花苜蓿M. sativa subsp. caerulea的叶绿体基因组，并与来源于NCBI上的12个紫苜蓿组植物进行系统发育分析。【结果】5个紫苜蓿组植物叶绿体基因只含一个IR(Inverted repeat)区，全部属于IRLC(Inverted repeat-lacking clade)类群，基因组总长为121，383～127，679 bp，共编码108～110个基因，均缺少rps16、rpl22和infA基因，其中蓝花苜蓿(M. sativa subsp. caerulea)还缺少clpP和trnI-CAU基因，总GC含量为：33.8%～33.9%；确定了重复序列和筛选出8个高变区；系统发育分析表明：黄花苜蓿(M. falcate)和呼伦贝尔黄花苜蓿(M. falcate ‘Hulunbeier’)互为姐妹关系，德钦紫花苜蓿(M. sativa ‘Deqin’)、清水紫花苜蓿(M. sativa ‘Qingshui’)、保定紫花苜蓿(M. sativa ‘Baoding’)和蓝花苜蓿与紫花苜蓿(M. sativa)聚为一个单系枝，表明他们的亲缘关系较近，遗传背景具有趋同性。【结论】新测序的供试材料叶绿体基因组属于IRLC类群，基因组结构相似，但具一定的多样性，且叶绿体全基因组序列分析在一定程度上支持了紫苜蓿组17个植物的系统发育关系。
文章目录
1材料和方法
1.1 试验材料
1.2 试验方法
1.2.1 叶绿体DNA提取
1.2.2 叶绿体基因组测序、拼接和组装
1.2.3 叶绿体基因组基因注释与图谱绘制
1.2.4 重复序列分析
1.2.5 叶绿体基因组序列结构比较分析
1.2.6适应性评价分析
1.2.7 系统发育分析
2结果与分析
2.1叶绿体基因组基本特征
2.2 重复序列分析
2.3叶绿体基因组结构比较分析
2.4适应性评价分析
2.5 系统发育分析
3讨论
3.1 SSR 位点分析
3.2紫花苜蓿系统发育的高可变叶绿体标记和DNA条形码分析
3.3 适应性评价分析
3.4 系统发育分析
4结论
