针对大规模数据输入输出的应用场景,提出了一种基于层次存储格式HDF5(Hierarchical Data Format 5)的多层次并行IO(Input/Output)方案。该并行IO方案分为节点间和节点内两层:节点间以节点为单位IO数据并允许节点内部协同或独立工作,根据节点内部的工作方式分别提出了多层次并行IO算法和多层次哨兵并行IO算法,以有效提升IO效率并避免输出文件冗余。考虑异构计算和纯CPU计算两个典型应用场景,分别在曙光平台和Intel平台进行最大核数为4096、最大数据量为256G的多组实验。结果表明,多层次并行IO算法IO效率提高了1.97~25.87倍,多层次哨兵并行IO算法IO效率提高了6.53~9.36倍,且输出文件数量减少到多区并行IO算法的1/4和1/32。