摘要:目的:利用网络药理学及分子对接技术研究芍药甘草汤治疗冠心病心绞痛的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出芍药甘草汤有效成分及作用靶点,通过GeneCards数据库、OMIM数据库、TDD数据库及GKB数据库获取心绞痛相关靶点基因,取药物靶点与疾病靶点的交集。借助jveen网站得到芍药甘草汤和心绞痛相关靶点韦恩图。运用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。使用R语言对药物靶点基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,筛选出相关信号通路并分析作用机制。通过Autodock Vina和PyMOL软件进行核心基因与活性成分分子对接,并对对接结果进行可视化分析。结果:获得白芍活性成分13个、甘草活性成分92个,作用于心绞痛的靶点212个;主要活性成分有槲皮素、山柰酚等;核心靶点有白细胞介素(Interleukin,IL)-6、雌激素受体(Estrogen Receptor,ESR)1等。富集分析显示,芍药甘草汤有效成分参与的关键生物过程有对外源性刺激、氧化应激、营养水平等的反应,主要信号通路有脂质与动脉粥样硬化信号通路、磷脂酰肌醇激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase, PI3K)/蛋白激酶B(Protein Kinase B, Akt)信号通路等。分子对接结果中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Serine-Threonine Protein Kinase 1,AKT1)与山柰酚结合能更低,结合构象更稳定。结论:芍药甘草汤治疗心绞痛的作用机制呈现多成分、多靶点、多通路的特点。
文章目录
1. 资料与方法
1.1 芍药甘草汤活性成分及靶点预测
1.2 疾病靶点预测
1.3 药物对疾病潜在靶点预测和调控网络图
1.4 蛋白质-蛋白质相互作用网络构建
1.5 基因本体论(GO)分析与基因和基因组的京都百科全书(KEGG)分析
1.6 分子对接验证核心靶点与有效成分
2. 结果
2.1 药物有效成分及靶点预测
2.2 白芍-甘草调控心绞痛网络图
2.3 蛋白质-蛋白质相互作用网络及关键靶点
2.4 GO富集分析和KEGG通路分析
2.5“芍药甘草汤”关键靶点的分子对接验证
3讨论