摘要:【目的】COMT基因家族成员在植物木质素合成、生长发育以及非生物胁迫等方面发挥重要调控作用。为分析罗布麻AvCOMT基因结构、表达、蛋白理化性质及在木质素生物合成过程中的功能。【方法】利用生物信息学方法对其进行染色体定位、蛋白结构及理化性质、顺式作用元件以及系统发育树的预测和分析。【结果】结果显示,罗布麻COMT基因家族共有10个成员,分布在3条染色体上,包括有1-4个外显子,3-10个保守结构域。其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成。AvCOMT01、AvCOMT02、AvCOMT03、AvCOMT05和AvCOMT08蛋白三级结构与拟南芥AtCOMT蛋白结构相似。在10个COMT蛋白中,AvCOMT07和AvCOMT10为不稳定蛋白,其余成员均为稳定蛋白;AvCOMT01、AvCOMT03和AvCOMT04为疏水性蛋白,其余均为亲性水蛋白。通过对上游2000 bp区域顺式作用元件的分析得出罗布麻AvCOMT基因的表达受到光照、温度等环境因子以及生长素、赤霉素、脱落酸等植物激素的调控。【结论】共筛选获得10个罗布麻AvCOMT基因,其与拟南芥AtCOMT结构、功能类似,在植物木质素合成及抗逆性等方面发挥关键作用。
文章目录
1 材料与方法
1.1 材料和数据来源
1.2 罗布麻AvCOMT基因家族成员的筛选
1.3 罗布麻AvCOMT基因家族成员的染色体定位
1.4 罗布麻AvCOMT基因家族成员结构和保守结构域分析
1.5 罗布麻AvCOMT蛋白理化性质分析
1.6 罗布麻AvCOMT蛋白结构分析与亚细胞定位
1.7 罗布麻AvCOMT基因家族成员顺式作用元件分析
1.8 罗布麻AvCOMT基因家族成员系统进化分析
2 结果与分析
2.1 罗布麻AvCOMT基因家族成员的筛选
2.2 罗布麻AvCOMT基因家族成员的染色体定位
2.3 罗布麻AvCOMT基因家族成员结构和保守结构域分析
2.4 罗布麻AvCOMT蛋白理化性质分析
2.5 罗布麻AvCOMT蛋白结构分析与亚细胞定位
2.6 罗布麻AvCOMT基因家族成员顺式作用元件分析
2.7 罗布麻AvCOMT基因家族成员系统进化分析
3 讨论
4 结论