为分离鉴定湖南省牛养殖场腹泻牛致病病原，并分析其分子生物学特征，本研究将采集的牛肛拭子样品处理后用Vero细胞系分离和噬斑纯化后，采用随机引物扩增后经高通量测序获得2株牛肠道病毒（BEV）病毒（WG-X4和NKY-2-1）。参照测序结果，采用Premier 6.0软件设计BEV分段扩增引物扩增出2株BEV的全基因组片段测序，经序列拼接后成功获得2株病毒的基因组全长。全基因组比较分析结果显示WG-X4和NKY-2-1序列同源性99.3%，两株BEV均与GenBank中我国内蒙古的BHM26毒株基因组相似性最高，均为82.9%，两株病毒与已知BEV存在较大基因组差异，均为BEV变异株。系统进化分析结果显示这两毒株均归类为EV-F2亚型。进一步对病毒编码氨基酸分析显示，WG-X4和NKY-2-1与已知的BEV-F株氨基酸同源性最高为96%。对BEV氨基酸各功能区的选择压力分析结果显示，仅在P1区BEV毒株间基因组序列差异较大，但其编码的氨基酸均为同义翻译，表现为高度保守，推测病毒在进化过程中主要受负选择（纯选择）的影响，非同义突变因不利于病毒复制或其对宿主适应性而被选择性淘汰。本研究首次在我国南方牛群中分离鉴定出2株BEVEV-F2亚型变异株，该结果为我国BEV流行及演化的深入研究提供了重要的基因组数据，并为BEV的防控提供了有价值的分子参考数据。
