基于转录组测序筛选与母驼卵巢发育相关候选miRNA

2025-04-17 50 1.25M 0

  摘要:为筛选双峰驼卵巢发育相关miRNA,选取6峰年龄和体重相近的健康未孕双峰驼为研究对象,按试验要求分为2组(繁殖季节组和非繁殖季节组),采用转录组测序对双峰驼卵巢组织中的miRNA进行分析,鉴定差异表达miRNA,对其差异表达基因进行GO功能及KEGG通路富集分析,筛选与卵巢发育相关的miRNA,并随机挑选4个差异表达miRNA进行验证。结果表明:有741个miRNA在繁殖与非繁殖季节卵巢中呈现表达,有58个miRNA仅在繁殖季节中特异性表达,有60个miRNA只在非繁殖季节特异性表达;通过筛选鉴定了47个差异表达的miRNA,与非繁殖季节比较,繁殖季节卵巢中有26个miRNA显著上调,21个miRNA下调;KEGG富集分结果显示,miRNA靶基因主要富集于MAPK、PI3K-Akt、AMPK、Hippo、Rap1、p53、Wnt等卵巢发育相关信号通路上;选择参与以上信号通路中的miR-10b、miR-361、miR-196a和miR-345-5p等4个差异表达miRNA进行RT-qPCR 验证,发现在繁殖季节母驼卵巢中miR-10b、miR-361显著上调(P<0.05),miR-196a极显著上调(P<0.01),miR-345-5p极显著下调(P<0.01),此结果与miRNA测序结果相一致。说明miRNA在双峰驼卵巢发育过程中发挥着重要作用。

  文章目录

  1 材料与方法

  1.1 试验样品

  1.2 主要试剂与仪器

  1.3 试验方法

  1.3.1 卵巢总RNA的提取及质量检测

  1.3.2 miRNA 文库构建和上机测序

  1.3.3 miRNA鉴定和预测分析

  1.3.4 miRNA靶基因的GO功能分析和KEGG信号通路分析

  1.3.5 验证miRNA测序结果

  1.4数据的统计分析

  2 结果与分析

  2.1 数据质控

  2.2 差异表达 miRNA鉴定

  2.3 差异表达靶基因的GO 分析

  2.4 差异表达靶基因的KEGG分析

  2.5 差异表达 miRNA 验证

  3 讨论

  4 结论



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