【目的】探究野鸦椿和圆齿野鸦椿幼苗生长对盐胁迫的响应差异,为野鸦椿属植物的开发和利用提供理论依据。【方法】比较了不同浓度的中性盐(NaCl)和碱性盐(NaHCO3)处理下2个树种幼苗的生长差异,并通过液相色谱-质谱(LC-MS)联用技术筛选出与盐胁迫响应相关的关键代谢物和代谢通路。【结果】盐胁迫显著抑制了2个树种幼苗的苗高、地径增量及生物量,且随着盐浓度的增加,这些指标逐渐降低;NaHCO3胁迫对2个树种幼苗的负面效应明显高于NaCl胁迫。代谢组学分析显示,盐胁迫显著改变了野鸦椿和圆齿野鸦椿幼苗的代谢,野鸦椿幼苗在NaHCO3处理下的总差异积累代谢物(DAMs)数量和下调的DAMs数量均高于其他处理,圆齿野鸦椿幼苗在NaCl处理下的总DAMs数量低于野鸦椿,但其上调的DAMs数量却高于野鸦椿;2个树种在盐胁迫下的DAMs主要为苯丙素类和聚酮类、有机酸及衍生物、脂质和类脂分子、有机含氧化合物、有机杂环化合物,均显著富集在了苯丙烷生物合成、类黄酮生物合成和核黄素代谢3条通路上。特别地,苯丙烷生物合成和类黄酮生物合成途径中相关代谢物积累量的差异反映了2个树种应对不同盐胁迫的差异性。【结论】2个树种在盐胁迫下表现出不同的代谢响应策略,苯丙烷和类黄酮生物合成途径与野鸦椿和圆齿野鸦椿幼苗响应盐胁迫的机制密切相关。