番茄作为山西省主栽蔬菜作物之一，常年遭受病毒侵染危害，严重影响番茄产量和品质。为明确山西省不同地区番茄上病毒发生种类及侵染情况，从7个市采集154份疑似病毒病番茄样品，利用小RNA测序结合PCR/RT-PCR进行病毒检测及分析。结果表明，山西省不同地区番茄样品中共检测到6种病毒，按检出率从高到低依次为黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus, CMV）(85.71%)、番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）(45.45%)、南方番茄病毒（southern tomato virus,STV）(41.56%)、番茄花叶病毒（tomato mosaic virus, ToMV）(27.27%)、马铃薯Y病毒（potato virus Y,PVY）(25.97%)以及番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus,To CV）(18.18%),CMV是侵染山西番茄的优势病毒。侵染类型分析表明，番茄样品共检测到32种侵染类型，包括4种单独侵染和28种复合侵染，CMV、CMV+ToMV、CMV+STV+TYLCV、CMV+PVY+STV、CMV+TYLCV、CMV+STV+To CV+TYLCV和CMV+PVY 6种类型最为常见，分别占16.23%、10.39%、9.09%、8.44%、5.84%、5.84%和5.19%，主要表现花叶、蕨叶、黄化、曲叶等症状。此外，在22种侵染类型的样品中检测到CMV卫星RNA(CMV satellite RNA,satCMV)，检出率为66.23%；其中10种侵染类型的样品为部分伴随satCMV。结合田间症状分析发现CMV、CMV+ToMV和CMV+PVY+STV侵染的田间番茄样品在伴随satCMV时症状加重，CMV+STV侵染样品在伴随satCMV时减轻，其余侵染类型伴随satCMV时不影响症状；遗传进化分析表明，10个satCMV山西分离物之间一致性为93.4%～100%，与中国、希腊分离物亲缘关系较近。该研究明确了山西省番茄上发生的6种病毒和1种卫星RNA，其中PVY和STV为首次在山西番茄上报道发生；系统分析了山西番茄病毒侵染类型与症状之间的关系，为番茄病毒病的快速诊断与防控提供重要参考依据。
