客观认知畜牧业碳动态及其时空格局是夯实区域畜牧业低碳和生态化发展的科学基础。本研究基于2000-2020年甘南黄河水源补给区县域尺度的畜牧业生产投入数据,运用全生命周期法估算畜牧业碳足迹,揭示其时空变化和结构特征,应用空间自相关分析探讨畜牧业碳足迹的空间格局。结果表明:1)甘南黄河水源补给区畜牧业碳足迹整体呈上升态势,年均增长率为1.80%,且历经快速增长-缓慢下降后回升-波动下降3个时序变化阶段。2)产中环节的牲畜肠胃发酵和粪便管理环节产生的大量CH4、N2O是温室气体“俱乐部”,羊、牛的CH4、N2O排放量不断增加且远高于其他牲畜。3)玛曲县一直是畜牧业碳足迹的超重型区,重型区演化表现出波动态势,但主要集中于碌曲县和夏河县,临夏县、积石山县、和政县畜牧业碳足迹处于轻型,合作市、卓尼县、临潭县则处于中型排放;畜牧业碳足迹总量由大到小依次为牧区>农区>半农半牧区。4)补给区畜牧业碳足迹总体空间格局呈现“北冷南热”“西热东冷”的特征;县域尺度下,玛曲县、碌曲县是高碳集聚区,合作市、和政县、康乐县呈“低碳锁定”效应。因地制宜制订差异化的区域畜牧业发展策略,有助于推动减少畜牧业碳足迹数量以实现畜牧业低碳转型。