摘要：为探究锈腐病对西洋参基因表达模式的影响，为进一步解析西洋参抗锈腐病机理提供基础信息，本研究采用RNA-seq方法分析比较了健康与患锈腐病西洋参的根与叶中的基因表达差异，并对差异表达基因（DEGs）进行了功能聚类分析。结果显示：BL-vs-AL（感病叶片vs健康叶片）组中共鉴定出8 642个DEGs，包含上调表达4 463个，下调表达4 179个；BR-vs-AR（感病根vs健康根）组中共鉴定出5 308个DEGs，包含上调表达2 609个，下调表达2 699个。GO分析发现，大多数DEGs在细胞过程、代谢过程、细胞、催化活性等方面显著富集。KEGG分析表明，DEGs主要富集到苯丙素生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成、MAPK信号通路等与植物抗病相关的代谢通路中。同时，在两组共有DEGs中预测到转录因子116个，分别归属到25类转录因子家族中。qRT-PCR验证7个DEGs结果与转录组测序结果的表达变化趋势相符。本研究明确了异质生境中感染锈腐病的西洋参相关基因的表达特征及相关代谢通路，可为深入研究西洋参抗锈腐病的分子机制提供一定的信息参考。
文章目录
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.2 RNA提取、cDNA文库构建及测序
1.3 测序数据处理
1.4 基因表达水平分析
1.5 差异表达基因筛选、聚类分析及注释
1.6 差异表达基因的qRT-PCR验证
2 结果与分析
2.1 转录组数据质量分析及比对统计
2.2 基因表达分析
2.3 差异表达基因分析
2.3.1 差异表达基因筛选及聚类分析
2.3.2 差异表达基因GO富集分析
2.3.3 差异表达基因的KEGG注释及富集分析
2.4 差异表达的转录因子分析
2.5 差异表达基因的qRT-PCR验证
3 结论与讨论
