受控分枝过程是描述种群进化的一类重要模型,其中后代分布和控制分布决定了种群的进化特征,估计这些分布的参数对于过程的预测和控制至关重要。但在实际中,常常会由于观察的间断性或者资料丢失造成样本数据的断代缺失,这给参数估计带来一定的困难。本文主要是基于断代缺失数据,在一些正则假设条件下,推导了缺失样本的分布函数,基于EM算法,得到具有随机控制函数的受控分枝过程中若干参数的极大似然估计,并通过数值模拟验证了该方法的有效性。最后,我们利用此方法对2020年1月23日-2月16日杭州市COVID-19数据进行了实证分析,探索了COVID-19病毒在杭州市的传播机制,评价了疫情防控政策的实施效果。