[目的]探究酸马奶不同发酵时期活性微生物功能基因表达的变化特征。[方法]收集发酵初期（12 h）、中期（48 h）、后期（96 h）酸马奶样品，构建宏转录组文库，进行RNA-Seq高通量测序；对测序数据进行组装和功能注释后，分析差异表达基因，确定GO和KEGG信号通路中显著差异表达基因的静态富集。[结果] 3个发酵时期酸马奶样品的宏转录组高通量测序共产生12.17 GB的高质量短序列。序列组装后进行数据分析，发现酸马奶发酵过程中代谢过程相关基因表达占主导地位。差异表达基因的筛选与分析显示，发酵前期、中期、后期酸马奶样品间两两相比，下调表达基因数量多于上调表达基因数量。GO功能富集分析显示，发酵初期与中期酸马奶样品间差异表达基因高度富集的GO条目是细胞过程、代谢过程、有机环状化合物结合、杂环化合物结合；发酵中期与后期样品间差异表达基因高度富集的GO条目是细胞过程、细胞大分子代谢过程；发酵初期与后期样品间差异表达基因高度富集的GO条目主要涉及细胞过程、有机物质代谢过程、核苷结合、核糖核苷结合、嘌呤核苷酸结合。KEGG通路富集分析显示，发酵前期与中期酸马奶样品间仅有1条差异表达基因显著富集的信号通路，即核糖体通路；发酵中期与后期酸马奶样品间差异表达基因显著富集的信号通路包括醚酯代谢、氨基苯甲酸降解、mRNA监测途径、类固醇生物合成；发酵前期与后期酸马奶样品间差异表达基因显著富集的信号通路包括类固醇生物合成、氨基苯甲酸降解、m RNA监测途径、核糖体、乙苯降解。[结论]酸马奶发酵过程中涉及活性微生物多种功能基因的差异表达，不同发酵时期活性微生物功能基因的差异表达呈现动态变化。研究结果为深入了解酸马奶发酵机制、优化酸马奶发酵工艺提供了参考。
