槟榔黄化植原体16SrI组的实时荧光定量PCR检测方法的建立

2024-05-28 分子植物育种60 0.96M 0

  摘要:由植原体侵染引起的槟榔黄化病(Areca palm yellow leaf disease, YLD)是槟榔生产上一种毁灭性病害。目前,在中国引起槟榔黄化病的植原体主要有16SrI组、16SrII组及16SrXXXII组3个种群。为了对槟榔黄化植原体16SrI组群体进行检测,本研究基于槟榔黄化病植原体16SrI组secY基因,设计实时荧光定量PCR特异性引物和探针,对该引物探针组合进行准确性、灵敏度、特异性及重复性测试,并对儋州的槟榔黄化样品进行检测应用。结果显示,在准确性方面,引物qSecY-F1/R1和探针qSecY-P1能够准确检测出槟榔黄化植原体16SrI组样品;在灵敏度方面,该引物探针组合能检测到4.81×101 copies/μL数量级,标准品的Ct值与质粒拷贝数的对数呈线性关系,标准曲线方程为y=-3.578 8x+43.342,相关系数R2=0.993,扩增效率为90.29%,说明该检测方法适用于低浓度植原体检测和定量分析,扩增效率符合检测技术要求;在特异性方面,该引物探针组合具有较好的特异性,16SrII组和16SrXXXII组的植原体、槟榔相关的病原及内生菌均对本引物探针无影响;在重复性方面,组内和组间重复的变异系数均低于1%,具有较好的重复性;利用该引物探针,儋州地区36份槟榔样品共22份检查为阳性,检出率为61.11%。综上,该实时荧光定量PCR检测方法能满足对槟榔黄化植原体16SrI组的检测需求,可为该群体的流行学研究提供技术参考。

  文章目录

  1结果与分析

  1.1准确性验证

  1.2灵敏度测试及标准曲线的构建

  1.3特异性测试

  1.4重复性测试

  1.5槟榔黄化样品检测

  2讨论

  3材料与方法

  3.1供试样品

  3.2主要试剂与仪器

  3.3引物探针设计与合成

  3.4 DNA提取

  3.5引物和探针的准确性验证

  3.6重组质粒标准品的构建

  3.7灵敏度测试及标准曲线的构建

  3.8特异性测试

  3.9重复性测试

  3.10槟榔黄化样品检测



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